Бактериологическая лаборатория была организована 1989г на базе кафедры микробиологии, вирусологии и иммунологии СГМУ под руководством профессора Добродеевой Л.К. В 2003г лаборатория была переведена на территорию Областной клинической больницы и входила в состав КДЛ. С 2004г лаборатория реоргенизована в Лабораторию клинической микробиологии (ЛКМ) и существует как самостоятельное подразделение больницы. В 2007г произошло объединение подразделения с бактериологической лабораторией Инфекционной больницы и с этого момента началось активное развитие лаборатории.

В 2005-2007гг лаборатория принимала участие в научном международном проекте с Норвежским университетом г.Тромсе.

С 2008г лаборатория клинической микробиологии обслуживает более 15 лечебных и диагностических учреждений города Архангельска и области. На базе лаборатории проходят обучение и практику студенты медицинского колледжа, а также проводятся курсы усовершенствования фельдшеров-лаборантов города и области.

С 2005 года лаборатория успешно участвует в системе Внешнего федерального контроля качества и имеет сертификат.