Отделение расположено в 4-х этажном инфекционном корпусе по адресу ул. Самойло, дом 17, на четвертом этаже.
Рассчитано на 25 коек. Отделение состоит из двух изолированных друг от друга половин, имеет в своём составе 3 палаты и 8 полубоксов.
Госпитализируются взрослые больные с кишечными инфекциями и при подозрении на кишечную инфекцию. 30% пролеченных в ЦИБ это пациенты 2-го инфекционного кишечного отделения.
Из числа непрофильных больных зачастую поступают пациенты с неврологическими, нейрохирургическими, острыми респираторными заболеваниями, пневмониями, другими вирусными заболеваниями, при проведении дифференциальной диагностики диагноз нейроинфекция у пациента может быть снят.